Functions for simulating data from the statistical model underlying the castle package.

simulate_droplet_counts(l, r, a, b, c, n_drops, n_samples = 1)

simulate_molecule_counts(l, r, a, b, c, n_drops)

Arguments

l

Numeric value. Concentration of wild type DNA (molecules/droplet).

r

Numeric value. Concentration of mutant DNA (molecules/droplet).

a, b, c

Numeric values. Error rate parameters for the statistical model.

n_drops

Integer value. The number of droplets to simulate in each sample.

n_samples

Integer value. The number of samples to simulate.

Value

Simulated droplet/molecule counts as data.frame.

Examples

# Simulate droplet counts

# Single cancer negative sample (r = 0)
simulate_droplet_counts(1, 0, 0.01, 0.01, 0.01, 14000)
#>   DoubleNegativeDroplets DoublePositiveDroplets WildtypeOnlyDroplets
#> 1                   5082                    317                 8490
#>   MutantOnlyDroplets
#> 1                111

# Multiple cancer positive samples (r = 0.1)
simulate_droplet_counts(1, 0.1, 0.01, 0.01, 0.01, 14000, 10)
#>    DoubleNegativeDroplets DoublePositiveDroplets WildtypeOnlyDroplets
#> 1                    4625                   1069                 7733
#> 2                    4462                   1145                 7831
#> 3                    4513                   1133                 7768
#> 4                    4613                   1111                 7689
#> 5                    4523                   1131                 7764
#> 6                    4570                   1138                 7760
#> 7                    4491                   1136                 7770
#> 8                    4543                   1132                 7712
#> 9                    4640                   1165                 7583
#> 10                   4608                   1172                 7644
#>    MutantOnlyDroplets
#> 1                 573
#> 2                 562
#> 3                 586
#> 4                 587
#> 5                 582
#> 6                 532
#> 7                 603
#> 8                 613
#> 9                 612
#> 10                576


# Simulate molecule counts for a cancer positive samples (r = 0.1)
simulate_molecule_counts(1, 0.1, 0.01, 0.01, 0.01, 14000)
#> $indiv_droplet_data
#>       WT_copies M_copies WT_ch  M_ch
#> 1             0        0 FALSE FALSE
#> 2             2        0  TRUE FALSE
#> 3             2        0  TRUE FALSE
#> 4             3        1  TRUE  TRUE
#> 5             0        1 FALSE  TRUE
#> 6             4        0  TRUE FALSE
#> 7             1        0  TRUE FALSE
#> 8             3        0  TRUE FALSE
#> 9             0        0 FALSE FALSE
#> 10            1        0  TRUE FALSE
#> 11            0        0 FALSE FALSE
#> 12            2        0  TRUE FALSE
#> 13            0        0 FALSE FALSE
#> 14            0        0 FALSE FALSE
#> 15            0        0 FALSE FALSE
#> 16            1        0  TRUE FALSE
#> 17            0        0 FALSE FALSE
#> 18            2        0  TRUE FALSE
#> 19            0        0 FALSE FALSE
#> 20            0        1 FALSE  TRUE
#> 21            1        0  TRUE FALSE
#> 22            2        0  TRUE FALSE
#> 23            1        1  TRUE  TRUE
#> 24            2        0  TRUE FALSE
#> 25            0        0 FALSE FALSE
#> 26            0        0 FALSE FALSE
#> 27            1        0  TRUE FALSE
#> 28            2        0  TRUE FALSE
#> 29            2        0  TRUE FALSE
#> 30            1        0  TRUE FALSE
#> 31            2        0  TRUE FALSE
#> 32            2        0  TRUE FALSE
#> 33            2        0  TRUE FALSE
#> 34            2        0  TRUE FALSE
#> 35            0        1 FALSE  TRUE
#> 36            0        0 FALSE FALSE
#> 37            0        0 FALSE FALSE
#> 38            0        0 FALSE FALSE
#> 39            2        0  TRUE FALSE
#> 40            0        0 FALSE FALSE
#> 41            0        0 FALSE FALSE
#> 42            1        0  TRUE FALSE
#> 43            3        0  TRUE FALSE
#> 44            1        0  TRUE FALSE
#> 45            2        0  TRUE FALSE
#> 46            1        0  TRUE FALSE
#> 47            0        1 FALSE  TRUE
#> 48            0        0 FALSE FALSE
#> 49            0        0 FALSE FALSE
#> 50            1        0  TRUE FALSE
#> 51            0        0 FALSE FALSE
#> 52            0        0 FALSE FALSE
#> 53            2        0  TRUE FALSE
#> 54            2        0  TRUE FALSE
#> 55            1        0  TRUE FALSE
#> 56            0        0 FALSE FALSE
#> 57            0        0 FALSE FALSE
#> 58            3        0  TRUE FALSE
#> 59            1        0  TRUE FALSE
#> 60            0        0 FALSE FALSE
#> 61            0        0 FALSE FALSE
#> 62            1        0  TRUE FALSE
#> 63            1        0  TRUE FALSE
#> 64            0        0 FALSE FALSE
#> 65            1        0  TRUE FALSE
#> 66            1        1  TRUE  TRUE
#> 67            2        0  TRUE FALSE
#> 68            1        0  TRUE FALSE
#> 69            1        0  TRUE FALSE
#> 70            1        0  TRUE FALSE
#> 71            0        0 FALSE FALSE
#> 72            1        2  TRUE  TRUE
#> 73            1        0  TRUE FALSE
#> 74            0        0 FALSE FALSE
#> 75            1        0  TRUE FALSE
#> 76            0        0 FALSE FALSE
#> 77            1        0  TRUE FALSE
#> 78            1        0  TRUE FALSE
#> 79            1        1  TRUE  TRUE
#> 80            0        0 FALSE FALSE
#> 81            2        0  TRUE FALSE
#> 82            2        1  TRUE  TRUE
#> 83            1        0  TRUE FALSE
#> 84            1        0  TRUE FALSE
#> 85            2        0  TRUE FALSE
#> 86            0        0 FALSE FALSE
#> 87            1        0  TRUE FALSE
#> 88            0        0 FALSE FALSE
#> 89            1        0  TRUE FALSE
#> 90            1        0  TRUE FALSE
#> 91            2        0  TRUE FALSE
#> 92            0        0 FALSE FALSE
#> 93            3        1  TRUE  TRUE
#> 94            0        0 FALSE FALSE
#> 95            3        0  TRUE FALSE
#> 96            1        0  TRUE FALSE
#> 97            1        0  TRUE FALSE
#> 98            1        0  TRUE FALSE
#> 99            1        0  TRUE FALSE
#> 100           1        1  TRUE  TRUE
#> 101           2        0  TRUE FALSE
#> 102           2        0  TRUE FALSE
#> 103           0        1 FALSE  TRUE
#> 104           1        0  TRUE FALSE
#> 105           2        0  TRUE FALSE
#> 106           1        0  TRUE FALSE
#> 107           0        0 FALSE FALSE
#> 108           2        0  TRUE FALSE
#> 109           1        0  TRUE FALSE
#> 110           2        0  TRUE FALSE
#> 111           1        0  TRUE FALSE
#> 112           1        0  TRUE FALSE
#> 113           2        0  TRUE FALSE
#> 114           2        0  TRUE FALSE
#> 115           1        0  TRUE FALSE
#> 116           0        0 FALSE FALSE
#> 117           0        0 FALSE FALSE
#> 118           2        1  TRUE  TRUE
#> 119           0        0 FALSE FALSE
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#> 122           0        0 FALSE FALSE
#> 123           1        0  TRUE FALSE
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#> 125           2        0  TRUE FALSE
#> 126           0        0 FALSE FALSE
#> 127           2        0  TRUE FALSE
#> 128           0        0 FALSE FALSE
#> 129           0        0 FALSE FALSE
#> 130           1        0  TRUE FALSE
#> 131           1        0  TRUE FALSE
#> 132           0        0 FALSE FALSE
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#> 134           2        0  TRUE FALSE
#> 135           1        0  TRUE FALSE
#> 136           0        0 FALSE FALSE
#> 137           1        0  TRUE FALSE
#> 138           1        0  TRUE FALSE
#> 139           1        0  TRUE FALSE
#> 140           2        0  TRUE FALSE
#> 141           0        1 FALSE  TRUE
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#> 143           0        0 FALSE FALSE
#> 144           1        0  TRUE FALSE
#> 145           1        0  TRUE FALSE
#> 146           0        0 FALSE FALSE
#> 147           1        0  TRUE FALSE
#> 148           1        1  TRUE  TRUE
#> 149           1        0  TRUE FALSE
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#> 151           0        0 FALSE FALSE
#> 152           0        0 FALSE FALSE
#> 153           1        0  TRUE FALSE
#> 154           0        0 FALSE FALSE
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#> 159           1        0  TRUE FALSE
#> 160           3        0  TRUE FALSE
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#> 162           3        0  TRUE FALSE
#> 163           1        0  TRUE FALSE
#> 164           3        0  TRUE FALSE
#> 165           2        1  TRUE  TRUE
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